בית הדין לעבודה הינו הגורם הרשמי בישראל לטיפול בתביעות בנושאי עבודה. בין היתר דן בית הדין בתביעות בנוגע להליכי פיטורים, תשלומים שונים אותם טוען העובד שהוא זכאי להם וכד'.
במקרים רבים קיימים הבדלי גרסאות בין העובד לבין המעסיק. הבדלי גרסאות אלה עשויים להיות קשורים להבטחות שניתנו או לא ניתנו בע"פ, לטענות אודות מעשים לא חוקיים של העובד, לשלילת זכויותיו של העובד ע"י המעסיק וכיו"ב.
עריכת בדיקת פוליגרף במכון מוכר עשויה לסייע לכל אחד מהצדדים להוכיח את טענותיו, במיוחד במקרים בהם לא קיימת דרך אחרת להוכחת הטענות, בהעדר תיעוד או מסמכים חתומים.
מבחינה מקצועית, עדיפה בדיקת פוליגרף מוסכמת ל2 הצדדים, אולם לעיתים כאשר אחד הצדדים אינו מוכן לעבור בדיקה שכזו, יכול הצד השני ליזום בדיקת פוליגרף מטעמו שתסייע לו להוכיח את טענותיו. אם לא ניתנה הסכמה מראש, בית המשפט אינו מחויב להכיר בבדיקת פוליגרף כזו או להתייחס אליה בכלל ולכן קיימת חשיבות שהבדיקה תערך במכון פוליגרף אמין, מוכר ומנוסה.
הליך בדיקת פוליגרף בעבור בית הדין לעבודה אינו שונה במהותו מהליך בדיקה בבתי משפט אחרים.
במרבית המקרים שולח בית הדין למכון הפוליגרף תקציר של הנקודות שבמחלוקת ואת השאלות עליהן הוא רוצה שתיערך בדיקת הפוליגרף. הצדדים מתבקשים להעביר למכון הפוליגרף את תמצית טענותיהם שמובאות בד"כ בכתבי הדין (כתב תביעה וכתב הגנה) ובפרוטוקול הדיון הרלוונטי בבית הדין.
לאחר תאום מועדי בדיקות הפוליגרף, יושב בודק הפוליגרף עם כל אחד מהנבדקים בנפרד. בשיחה זו מתבקש הנבדק להציג את גרסתו לגבי השאלות שבמחלוקת. בהמשך, מנוסחות השאלות לבדיקת הפוליגרף ומומחה הפוליגרף מוודא שהנבדק מבין את השאלות ויכול לענות עליהן בחיוב או בשלילה. בשלב הבא מחובר הנבדק למכשיר הפוליגרף ושאלות הבדיקה מוצגות בפניו מס' פעמים. בתום הבדיקה מנתח מומחה הפוליגרף את ממצאי בדיקות הפוליגרף ומעביר את הממצאים בדוח חוות דעת מומחה לבית הדין לעבודה. במרבית המקרים מייחס בית הדין חשיבות מכרעת לממצאי בדיקות הפוליגרף ומתחשב בהן בפסיקותיו.